五年前、マフィアの一族が皆殺しにされた。ディランだけが生き残り、人々は彼を「ゴースト・ゴッドファーザー」と呼んだ。だが今、彼は無一文の負け犬として、S市に戻ってきた。身を寄せた叔父の家で、従妹のスーザンが何者かに狙われていることを知る。気が強く、素直じゃない、だが誰よりもまっすぐなバイオ研究者。彼女は、伝説のゴッドファーザーに憧れている。すぐ隣に、その本人がいることも知らずに。
ディランは、静かに動き出す。彼女を守りながら、一族を殺した者たちへと近づいていく。そして、正体を明かす瞬間——すべてがひっくり返る。伝説の男は、すぐ隣にいた。彼は敵を一人ずつ葬り、家族の仇を討つ。だが、復讐の先に待つものは、安息ではなかった。一族を滅ぼした真実は、まだ誰も知らない。
